In coerenza con la sua missione, l’ILIESI svolge attività di ricerca nel vasto campo della storia delle idee filosofiche e scientifiche e delle strutture lessicali nelle quali esse trovano espressione all’interno della tradizione europea, in un arco di tempo che va dall’antichità al moderno. Per il conseguimento di questi obiettivi, l'Istituto privilegia, accanto ai tradizionali approcci della filologia e dell’ermeneutica testuale, il ricorso a metodologie digitali per l’analisi e l’elaborazione di testi o corpora testuali. Coniugare questi tre indirizzi di ricerca - la storia delle idee, l’analisi lessicale dei testi e l’umanistica digitale - costituisce da sempre una cifra caratteristica delle attività dell'Istituto, che lo rendono una realtà unica nel panorama culturale internazionale.

La produzione scientifica dell'ILIESI consiste nell'elaborazione di studi storico‐critici, nell’edizione di testi, nella costituzione di banche dati e piattaforme testuali, o ancora nell’elaborazione di spogli lessicali, concordanze e lessici d’autore o settoriali. In anni più recenti, sono state anche aperte nuove linee di ricerca specialistiche, come quelle che si svolgono in ambito papirologico (con particolare riferimento a metodologie interdisciplinari di archaelogy of writing), o in diversi settori dei migration studies, nel campo della lessicografia con ricerche sulle formazioni neologiche dell’italiano contemporaneo, o sul tema della salvaguardia dei beni culturali in situazioni di rischio o grave pericolo (di origine sia naturale sia antropica).

L’ILIESI pubblica tre collane di volumi (Elenchos, Lessico Intellettuale Europeo, ILIESI digitale) e due riviste («Elenchos», «Lexicon Philosophicum»), mentre alle riviste «Bruniana & Campanelliana» e «Aristotelica» offre il proprio patrocinio scientifico.